awk和sed
awk
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awk '{print $1 "\t" $7}' ~/t/1
输出文件1的第一列和第七列 以\t分隔 -
awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta
从a.fasta中提取第10至第20个序列存到b.fasta中 -
awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}' input.fasta
将input.fasta中第每一条序列保存到一个文件中 -
awk '{for(i=11;i<=NF;i++){printf "%s ", $i};printf "\n"}'
打印11列开始的所有列 -
在alias中使用awk, 将
'
换成'\''
sed
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sed -n '8,12p'
显示部分文本——指定行号范围(从第8至第12行,含8和12行) -
sed 's/^/aaa/g' filename.txt > outputfile.txt
在文件中的每一行之前加上一个字符串,比如:aaa -
ls chr1_read3_0*.sam|sed 's/^chr1_\(read3_0[0-9]\)-se.sam/\1/'
类似用sed对grep结果进行捕获 -
sed -i
直接修改文件内容 -
sed 参数中的
'
不是必须的 出错的时候如用xargs时可以去掉