awk和sed
awk
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awk '{print $1 "\t" $7}' ~/t/1 输出文件1的第一列和第七列 以\t分隔
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awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=20{print ">"$0}' a.fasta|sed '/^$/d'>b.fasta 从a.fasta中提取第10至第20个序列存到b.fasta中
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awk '/^>/{f=++d".fasta"} {print > f}' input.fasta 将input.fasta中第每一条序列保存到一个文件中
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awk '{for(i=11;i<=NF;i++){printf "%s ", $i};printf "\n"}' 打印11列开始的所有列
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在alias中使用awk, 将
'换成'\''
sed
SED单行脚本快速参考
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sed -n '8,12p' 显示部分文本——指定行号范围（从第8至第12行，含8和12行）
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sed 's/^/aaa/g' filename.txt > outputfile.txt 在文件中的每一行之前加上一个字符串，比如：aaa
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ls chr1_read3_0*.sam|sed 's/^chr1_\(read3_0[0-9]\)-se.sam/\1/' 类似用sed对grep结果进行捕获
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sed -i 直接修改文件内容
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sed 参数中的
' 不是必须的 出错的时候如用xargs时可以去掉